La colección fotográfica del museo incluye soportes diferentes como papel, vidrio, negativos y diapositivas. Formada a partir de las fotografías de los directores Dr. Schmidt y Dra. Susnik, tomados en sus distintos viajes de campo entre los indígenas del Paraguay y la región.
En el acervo se encuentran fotografías de distintos grupos indígenas como Mbya, Ava Guaraní, Aché, Lengua, Chamacoco, Toba, Sanapaná, Mataco, Ayoreo, además de fotografías de los viajes del Dr. Schmidt en el Mato Grosso, la colección de Guido Boggiani, con imágenes tomadas de los indígenas del Alto Paraguay y publicadas como postales por Robert Lehmann Nitsche en 1904 y otras colecciones.