Colecciones arqueológicas:
Paleolítico
Etno-arqueología Guaraní, Mbayá, Caduveo, Payaguá
a) Cultura Guaraní:
Mbyá, Avá Guaraní, Chiriguano, Yzozó-Chané
b) Cultura Guayakí
c) Culturas Chaqueñas:
Guaycurú: Emok-Toba y Payaguá
Maskoy: Lengua, Sanapaná, Angaité
Mataco: Chulupí, Chorotí, Maká, Guisnay
Zamuco: Chamacoco y Ayoweo-Moro
Tapieté
Sección fototeca:
Colección de más de dos mil fotografías referentes a la vida de los indígenas del Paraguay, inclusive tomas de ceremonias religiosas.
Sección Fonoteca:
Grabaciones de mitos y leyendas Chamacoco, Avá Guaraní y Guayakí
Colección de diapositivas:
De la etnografía paraguaya y de las civilizaciones americanas: Inca, Maya, Azteca y otras
Colección de motivos decorativos indígenas del Paraguay:
Según trenzado de caraguatá, tejido, cestería, motivos pirograbados en calabazas, etc.
Pequeña colección del folklore tradicional del Paraguay:
Motivos de "ñandutí", cerámica popular, etc.
Libros y artículos referentes a antropología general, etnografía sudamericana y especializado en etnografía paraguaya. Se mantiene un regular intercambio de publicaciones de nuestro Museo con las de otras instituciones similares americanas y europeas. La Biblioteca incluye además una colección de libros de Ciencias Naturales, abierta por el Dr. Barbero para el proyectado Museo de Historia Natural.